В отличии от «постсоветских» профсоюзов, управление БНП имеет горизонтальную структуру управления, основанную на сотрудничестве и взаимопомощи. Также подходит образ перевернутой пирамиды, на вершине которой находятся члены профсоюза, объединенные в профгруппы (или цеховые профорганизации), далее идут первичные организации, организованные на предприятиях. Руководящим органом профсоюза является Съезд БНП состоящий из делегатов, избранных членами профсоюза. Между съездами профсоюзом руководит - Совет представителей БНП, а исполнительным органом профсоюза является - Исполнительное бюро БНП, которое сформировано из председателя - Максима Познякова, вице-председателей - Сергея Черкасова и Александра Мишука, а также секретаря-казначея Снежаны Гринцевич.